■ В 1800 г. в Киевской епархии была восстановлена должность викарного епископа. Ему усваивался титул «Чигиринский» и настоятельство в Свято-Архангело-Михайловском Златоверхом монастыре. Первым епископом Чигиринским стал владыка Феофан (Шиянов). В том же году он начал ходатайство об отводе ему из казенных земель – в качестве полагающегося по штату участка для загородного дома – урочища «Лазаревщина», или «Пасечное», находящегося к югу от Голосеевского леса (своим старым названием местность обязана, по преданию, благочестивому старцу Лазарю, державшему здесь пасеку; в современных описаниях обители топоним «Лазаревщина» связывают с киевским женским Лазаревым монастырем, упоминаемым в Ипатьевской летописи под 1113 г. без определенных географических координат). В 1802 г. ходатайство было удовлетворено, и еп. Феофан приступил к постройке церкви Чуда св. Архангела Михаила с примыкающим архиерейским домом; в 1803 г. Киевский митрополит Гавриил (Банулеско-Бодони) совершил освящение храма и особой грамотой переименовал Лазаревщину в Феофанию; тогда же поодаль церкви были выстроены 3 домика для братии и необходимые службы.
■ В бытность свою викарным еп. Чигиринским (1836-1841), здесь подолгу жил (с ранней весны до поздней осени) свт. Иннокентий Херсонский (Борисов, †1857): он нарек разные уголки Феофании именами священных библейских мест (Фавор, Синай, Елеон, Хорив, Кедрон, Силоам, Иосафатова долина) и соорудил в них беседки, которые посещал во время прогулок (в память об этом, сегодня «Феофанию» величают «Киевским Иерусалимом», хотя, в широком смысле слова, данное название относится ко всем православным святыням города: «Вторым Иерусалимом» Киев нарек еще древнерусский книжник XI в. Иаков Монах в своей «Похвале св. князю Владимиру»).
■ По инициативе Чигиринского еп. Серафима (Аретинского), впоследствии архиеп. Воронежского, с 1861 г. в Феофании шло обустройство скита Свято-Михайловского Златоверхого монастыря: до 1871 г. – трудами прп. Вонифатия (Виноградского), затем – схиигумена Иринарха (Дорогавцева). Прп. Вонифатий, в миру Дамиан (1785†1871, память – 9 января н.ст.), родился в с. Михайловка Александрийского уезда Херсонской губернии. С юных лет он стремился к монашеству, но, из послушания матери, 20-ти лет вступил в брак (при этом убедил супругу жить как брат с сестрой); в годы военной службы – участвовал в отражении Наполеоновского нашествия (1812); после выхода в отставку – занимался ведением домашнего хозяйства; затем, по согласию жены, раздал половину имущества бедным и удалился в Киев – для вступления на монашескую стезю; первое время в Киеве – вместе с юродивым Иоанном Босым (Расторгуевым, †1849) опекал странников, для которых снимал помещения под храмом св. ап. Андрея Первозванного на Андреевском спуске; в 1851 г. был принят на послушание в Свято-Михайловский Златоверхий монастырь, в 1854 – пострижен в монашество, в 1856 – рукоположен в иеродиакона, в 1860 – в иеромонаха, в 1868 – возведен в сан игумена; в 1861 г. его посетили земляки с просьбой построить у них монастырь, но когда о. Вонифатий пришел за благословением к еп. Серафиму, тот отвечал: «Иди в хутор Феофанию, основывай там скит». При о. Вонифатии, который во всем являл братии пример истинного подвижника, в скиту было введено ежедневное богослужение и неусыпное чтение Псалтири, построены каменный храм Всех Святых (1867) и дополнительные кельи, гостиница и странноприимница (в которой ежегодно зимовали до 50 чел.). 23 декабря 2010 г. Свящ. Синод УПЦ принял решение о канонизации прп. Вонифатия (его могила у алтаря храма Всех Святых не сохранилась вследствие перестройки здания в советское время). Помощник и преемник о. Вонифатия схииеромонах Иринарх (впоследствии схиигумен, †1905) поддерживал заведенный предшественником порядок в обители, обновлял ветхие и возводил новые постройки, в т.ч. храм Владимирской иконы Божией Матери (1900, не сохранился), провел водопровод (см.: Объекты: Достопримечательности).
■ Прямо или косвенно с Феофанией XIX в. связаны также судьбы ряда иных подвижников. Так, при о. Вонифатии здесь временно подвизался (до отбытия в 1867 г. в паломничество на Святую Землю и Афон) будущий прп. Гавриил Афонский (1849†1901) – в ту пору юный послушник Георгий. Под руководством о. Иринарха в обители завершила свой земной путь, приняв монашество (позже – схиму с именем Алексии) и ископав пещеру, одна бывшая паломница, которая принесла с собой замечательную икону Божией Матери – дар, принятый от свт. Феофана Затворника в годы его служения в Русской духовной миссии в Иерусалиме (1847–1855). Достойна внимания и судьба трудившегося в Феофании послушника Константина – ослепшего воина, который не впал в уныние от болезни, но всей душой обратился к Богу, в совершенстве освоил клиросное дело и поступил в обитель, где знанием круга церковных чтений и песнопений превосходил многих зрячих.
■ В 1901 г. скит в Феофании получил официальный статус. В 1904-1914 гг. здесь возвели грандиозный Свято-Пантелеимоновский собор. В 1915 г. обитель была преобразована в самостоятельный монастырь. В 1920-х гг. на его территории совместно проживали монашеская община и детский дом, который сменило кооперативное хозяйство. В 1930 г. все храмы были закрыты. В 1941-1945 гг. богослужение в Свято-Пантелеимоновском соборе удалось возобновить. После Великой Отечественной войны монастырские здания принадлежали Институту механики Академии Наук Украины. В 1990 г. собор возвратили верующим, его настоятелем был назначен архимандрит Серафим (Демьянов). С 1993 г. приход храма был преобразован в скит Киево-Покровского женского монастыря: под патронатом этой обители удалось оформить возвращение ряда других зданий, провести колоссальные ремонтно-восстановительные работы, возродить в Феофании монашескую жизнь. 24 апреля 2002 г. Свящ. Синод УПЦ постановил преобразовать скит в самостоятельный монастырь. В 2007 г. архим. Серафим хиротонисан во еп. Яготинского, викария Киевской Митрополии, в 2012 – возведен в сан архиепископа.